祖师洞位于小洞天北侧，是一个由三块灵石组成的三宝洞。相传，这里是喇嘛山历代祖师大德闭关的地方。有一天，密宗萨迦派第五代祖师——花教大喇嘛八思巴在此参禅打坐。突然间，地动山摇，山石滚落。他的弟子们都奋不顾身地奔向主峰营救师父。不多时，灵山恢复了平静，他的弟子们也已攀到了主峰。看到了祖师，弟子们都被眼前的景象惊呆了。只见滚落的山石恰好搭成了一个小灵洞，把祖师容纳在其中。此时，祖师完好无伤，依然在禅定中。当他出定后，慢慢地睁开眼睛时，看到他的弟子们都呆立在他的面前，便问道：“你们不在山下修炼，跑到这里干什么？”弟子们都含着泪水述说刚才所发生的一切。这时，祖师才意识到自己已在石洞中。他微笑着告诉弟子：“一切劫难都是自己的愿力所化。你发多大的愿心，想成就多大的事业，就必须承受多大的痛苦和磨难。不能承受痛苦和磨难的人，就是没有愿心的人，永远都不会走向成功。”