灵根洞位于八仙阁东侧，是一个通灵的山洞。洞中有一块圆形的“宝石”，就是灵根石。相传， 灵根菩萨就是文殊菩萨的化身。因在远古时期，有一位老修行人带领他的弟子们来到了这座灵山，居住在灵山之中。老修行人深入自然，寻找真理，注重学习与实践，培育人才，发菩提心，行菩萨道。他为了救度众生，开发众生的自性，培育众生的灵根，而化现了灵根洞、灵根石。这灵根洞是自性之源，能开发众生的自性；这灵根石是灵根之源，能孕育众生的灵根。凡是有缘人来到这里，都能与灵根洞、灵根石通灵，万事都有新的起点。老修行人把自己的一生都献给了灵山，献给了众生。所以人们都尊称这位老修行人为灵根菩萨。