莲花洞与山神宫相邻，是一个三面环通的灵洞，四季常青。这里到处都是绿色的“仙草”，据《本草纲目》记载，此草名为卷柏，又名长生不老草。相传，莲花洞是灵根菩萨大发慈悲，化现了莲花度母，在此孕育莲花，莲花洞中多一朵莲花，世间就多一位佛子。这里修学的是《自然道谱》，即是：“自然心法、自然道法、自然功法、自然禅法、自然密法。”这《自然道谱》是大自然存在的真理，是众生转迷为觉不可缺少的法宝，在《自然道谱》中论述：众生入世，必须认识自然、学习自然、明白自然、妙用自然。切不可违背自然，必须找到自性、扎下灵根、参禅悟道、珍惜时间、精进学习、破执破迷，功德圆满，才能花开见佛。